Dem Text wird durch Auszeichnungen (englisch markup) von Textteilen eine Struktur verliehen. Die Auszeichnung erfolgt durch SGML-Elemente. Die meisten dieser HTML-Elemente werden durch ein Tag-Paar markiert, das heißt durch einen Starttag und einen Endtag. Ein Starttag beginnt immer mit dem Zeichen <. Es folgt der Elementname (z. B. p für einen Absatz oder h1 für eine Überschrift erster Ordnung) und optional eine Liste seiner Attribute (z. B. class=“warning“). Mit einem > wird der Starttag geschlossen. Ein Endtag besteht aus den Zeichen </, dem Elementnamen und dem abschliessenden >. Die zusammengehörenden Start- und Endtags bilden zusammen mit dem dazwischenliegenden Inhalt ein Element allgemeiner SGML-Spezifikation. Diese Elemente lassen sich nach Regeln, die in einer Dokumenttypdefinition (DTD) angegeben sind, verschachteln. Neben Elementen mit Start- und Endtag gibt es in HTML auch inhaltsleere Elemente, wie etwa Zeilenumbrüche (br) oder Bilder (img).
Es geht in HTML um beschreibende (englisch descriptive), nicht um verfahrens- (englisch procedural) und darstellungsorientierte (englisch presentational) Textauszeichnung, auch wenn sich HTML in früheren Versionen dafür verwenden ließ. HTML-Elemente sind keine Angaben zur Präsentation, die dem Webbrowser mitteilen, wie er den Text visuell zu formatieren hat. Vielmehr sind Elemente eine strukturierende Auszeichnung, mit der sich Textbereichen eine Bedeutung zuordnen lässt, z. B. <h1>…</h1> für eine Überschrift, <p>…</p> für einen Textabsatz und <em>…</em> für betonten Text.
Wie diese Bedeutung letztlich dem Benutzer vermittelt wird (im Falle einer Überschrift z. B. durch vergrößerte, fette Schrift), ist zunächst dem Webbrowser überlassen und hängt von der Ausgabe-Umgebung ab. Denn obwohl HTML-Dokumente in der Regel auf Computerbildschirmen dargestellt werden, können sie auch auf anderen Medien ausgegeben werden, etwa auf Papier oder mittels Sprachausgabe. CSS-Formatvorlagen eignen sich dazu, um auf die Präsentation eines HTML-Dokuments in verschiedenen Medien Einfluss zu nehmen.